19րդ դարուն եւ մինչեւ 1920, Արցախի մայրաքաղաքը՝ Շուշի, Թիֆլիսէն եւ Պաքուէն ետք, Կովկասի հայութեան մշակութային ու ընկերային գլխաւոր կեդրոնը եղած է եւ ամենէն կարեւորը՝ Արեւելեան Հայաստանի մէջ։
Քաղաքի ազգային գործունէութեան մէջ, կարեւոր տեղ ունեցած է Շուշիի թեմական հոգեւոր դպրոցը, որ բացուած է Ներսէս Ե. Աշտարակեցի կաթողիկոսի կողմէ, 22 Յունիս, 1838ին, 20 աշակերտներով։ Սակայն, նիւթապէս անապահով վիճակ մը ունեցած է, որուն հետեւանքով առաջին ուսուցիչները առանց վարձատրութեան կը դասաւանդէին։
Նիւթական ճնշիչ պայմաններուն բերումով, Ներսէս Ե. կաթողիկոս փակած է դպրոցը Նոյեմբեր 1852ին, սակայն յաջողած է վերստին բանալ երեք տարի ետք՝ Նոյեմբեր 1855ին։ 1860ին, դպրոցը յանձնուած է Շուշիի հանրութեան կողմէ ընտրուած հոգաբարձութեան, որ յաջողած է զգալիօրէն բարելաւել անոր նիւթական վիճակը։ Թեմի միակ արական երկրորդական դպրոցն էր, որ պահուած է նուիրատուութիւններով, եկեղեցական եկամուտներով եւ աշակերտութեան վճարումներով։
Դպրոցը մեծ փոփոխութիւններու ենթարկուած է, երբ Ներսէս Ե.ի յաջորդ Մատթէոս Ա. կաթողիկոսը 1863ին, շուշեցիներու խնդրանքով, դպրոցի տեսուչ նշանակած է Թիֆլիսի Ներսիսեան դպրոցի տնօրէն Պետրոս Շանշեանին։ Շանշեանի օգնականը եղած է նշանաւոր գրագէտ Պերճ Պռօշեանը՝ «Սօս եւ Վարդիթեր» վէպի հեղինակը, որ դասաւանդած է հայերէն, հայ գրականութիւն եւ հայոց պատմութիւն։ Շանշեանի եւ Պռօշեանի ջանքերով, դպրոցը սկսած է ծաղկիլ եւ դարձած՝ եռադասեան, 9 տարուան ուսումնական ծրագրով։ Միաժամանակ անուանափոխուած է, կոչուելով «Եղիշեան ազգայի հոգեւոր դպրոց»՝ 5րդ դարու պատմիչ Եղիշէի անունով։ 1870ին, աշակերտութեան թիւը 158 էր, իսկ 1893ին հասած է 492ի։
Դպրոցի նշանաւոր շրջանաւարտներուն շարքին եղած են Մուրացան (Գրիգոր Տէր Յովհաննէսեան, 1854-1908), Լէօ (Առաքել Բաբախանեան, 1860-1932),Գարեգին արք. Յովսէփեանց (Գարեգին Ա. Կաթողիկոս Մեծի Տանն Կիլիկիոյ, 1867-1952), Նիկոլ Դուման (1867-1912), Արամ Մանուկեան (1879-1919), Վանայ Իշխան (1883-1915) եւ շատ ուրիշներ։
1903ին, դպրոցը փակուած է հայոց եկեղեցապատկան կալուածներու բռնագրաւման ցարական հրամանագրին պատճառով։ Ան իր ուսուցչակազմով եւ աշակերտութեամբ վճռորոշ դեր խաղացած է հրամանագրի դեմ ժողովրդական ուժգին ըմբոստացման եւ տարած յաղթանակի գործին մէջ ու վերաբացուած է 1905ի աշնան: Անոր ուսուցիչներն ու աշակերտները մեծ դեռ խաղացած են նաեւ հայ-թաթարական ընդհարումներուն ժամանակ հայկական ինքնապաշտպանութեան կազմակերպման գործին մէջ։ 1908-1910ին դպրոցը բարեկարգուած է՝ տեսուչ Աւետիք Տէր Պօղոսեանի ջանքերով, իսկ այդ շրջանին աշակերտութեան թիւը 374ի հասած է։ 1917ին, դարձած է լրիւ երկրորդական դպրոց։ Սակայն, 1920ին, ատրպէյճանցիներու կողմէ Շուշիի ջարդին եւ քաղաքի հայաթափման հետեւանքով, թեմական դպրոցին գոյութիւնը դադրած է։