Իշխան Նիկոդիմոս Ամատունի, որ ըստ երեւոյթին միջնադարեան նախարարական տան հետ կապ ունեցած է, իր կեանքը զարգացուցած է ռուսական վարչական կազմին մէջ մինչեւ Հոկտեմբերեան յեղափոխութիւնը, երբ այնուհետեւ քաղաքական վտարանդի դարձած է։
Ծնած է 3 Մայիս, 1859ին, Օշական գիւղին մէջ (Մեսրոպ Մաշտոցի գերեզմանի վայրը)։ Նախնական ուսումը ստացած է հօր՝ Եսայի աւագ քահանայ Ամատունիի հետ, բայց անբաւարար նկատելով ատիկա, իր ծննդավայրը ձգած ու մեկնած է Թիֆլիս, միանալով իր ազգականներուն, որոնք ազնուականի տիտղոս ստացած էին նախ վրաց Հերակլ Բ. թագաւորէն (1744-1798) եւ ապա Նիկոլայ Ա. ցարէն (1801-1825), եւ բաւական ազդեցիկ էին հոն։ Ան փաստած է իր ազգականական կապերը թիֆլիսահայ տոհմին հետ եւ իշխանի տիտղոսը վերականգնած։
Նիկոդիմոս Ամատունի աւարտած է Թիֆլիսի «Ներսիսեան» վարժարանը, մտնելով հայկական գրական ու մշակութային շրջանակներուն մէջ եւ բարեկամացած է համբաւաւոր դերասան Պետրոս Ադամեանի հետ (1849-1891)։ Աւելի ուշ, ամուսնացած է թատերական գործիչ ու իրեն հեռաւոր ազգական Նապոլէոն Ամատունիի (1835-1899) դստեր Եւգենիայի հետ։ Միջոցին, բարձրագոյն ուսումը շարունակած է Ս. Փեթերպուրկի մէջ, ուր ժամանակի կարեւոր դէմքերու հանդիպած ու բարեկամացած է, որոնց շարքին՝ Լեւ Թոսթոյ, Իվան Թուրկենեւ, Ֆէոտոր Տոսթոյեւսկի, Մաքսիմ Կորքի եւ ուրիշներ։
1889ին շրջանաւարտ եղած է Ս. Փեթերպուրկի համալսարանի իրաւաբանական ճիւղէն եւ յաջորդ տարին Ծերակոյտի քրէական յանձնաժողովի անդամ դարձած է։ 1893ին Եկատերինպուրկի շրջանային դատարաններու դատախազ նշանակուած է, եւ այնուհետեւ փոխանցուած՝ Սարաթով (1898) եւ Քամենեց-Փոտոլսկ (1903)։
Նոյն տարին, Ամատունի նշանակուած է յատուկ առաքելութիւններու պետ Առեւտրական Ծովագնացութեան եւ Նաւահանգիստներու գլխաւոր վարչութեան մէջ, գլխաւորելով երկու նաւային արշաւախումբեր դէպի Պարսից ծոց եւ շրջակայքը 1904ին եւ 1905-1906ին։ 1906ին առեւտուրի եւ ճարտարարուեստի նախարարութեան Ռուս-Դանուբեան Շոգենաւագնացութեան Յանձնաժողովի ղեկավարութեան մաս կազմած է։
1907ին, իշխանը պետական խորհրդատուի տիտղոսը ստացած է, իսկ 1908-1909ին Ռուսաստանի գետային նաւատորմի պատասխանատուն էր։ 1910ին Թորինոյի (Իտալիա) միջազգային ցուցահանդէսի ռուսական բաժանմունքի կոմիսարն էր։
1913ին Հայաստան այցելելով, Ամատունի նախաձեռնած է դպրոցի մը հիմնադրութեան իր ծննդավայրին՝ Օշականի մէջ, որուն գլխաւոր բարերարը եղած է։ Ա. Աշխարհամարտի սկզբնաւորութեան, Կարմիր Խաչի դաշտային պահեստներու պետ նշանակուած է հիւսիս-արեւմտեան ռազմաճակատին մէջ։
Հոկտեմբերեան յեղափոխութենէն ետք, իշխան Ամատունի միացած է զօրավար Փիոթր Վրանկէլի զօրքերուն եւ հարաւային Ռուսաստանի հակաբոլշեւիկ (սպիտակ) շարժման մաս կազմած է։ Կարճ ժամանակով, հոն ստեղծուած կառավարութեան անդամ եղած է։
1920ին, սպիտակ զօրքերու ձախողութենէն եւ բոլշեւիկեան յաղթանակէն ետք, Ամատունի գաղթած է Ֆրանսա, ուր շարունակած է իր հանրային գործունէութիւնը եւ մասնակցած է շարք մը ռուսական հաստատութիւններու հիմնադրութեան։ Գրած է իր յուշերը։
Կեանքի վերջին տարիներուն, Փարիզի արուարձաններէն Սէն Ժընէվիէվ տիւ Պուայի ռուսական տունը ապրած է։ Մահացած է 4 Մարտ, 1946ին, եւ թաղուած է այդ արուարձանի գերեզմանատան մէջ, բազմաթիւ նշանաւոր ռուս մտաւորականներու եւ զինուորական, քաղաքական ու մշակութային դէմքերու կողքին։