Յակոբ Յովհաննիսեան Խորհրդային Հայաստանի գիտութեան կազմակերպման շրջանի կարեւոր դէմքերէն մէկը եղած է ու շատերու նման՝ ստալինեան մաքրագործումներու զոհը դարձած։
Ծնած է Շուշի (Արցախ), 7 Դեկտեմբեր, 1875ին։ Տեղւոյն թեմական դպրոցը աւարտելէ ետք, ուսումը շարունակած է Պերլինի համալսարանը։ 1903ին, Հայտելպէրկի համալսարանը պաշտպանած է աւարտաճառ եւ ստացած՝ քիմիագիտութեան դոկտորի աստիճան։ Վերադառնալով Շուշի, 1904-1907 թուականներուն քիմիագիտութիւն դասաւանդած է տեական դպրոցներուն մէջ։
1907-1920ին Պաքուի մէջ ղեկավարած է քիմիա-մանրէաբանական տարրալուծարանը։ 1917 թուականին անդամագրուած է համայնավար կուսակցութեան մէջ, դառնալով եռանդուն քաղաքական գործիչ։ 1920-1921ին աշխատած է Շուշիի եւ Դիլիջանի մէջ, իսկ 1921ին փոխադրուած է Երեւան ու աշխատած՝ Ժողովրդական Կոմիսարներու Խորհուրդին մէջ։
1922էն սկսեալ, Յովհաննիսեան նուիրուած է գիտական աշխատանքի։ 1922-1930 թուականներուն Երեւանի պետական համալսարանի տնօրէն եղած է։ 1924ին ստեղծած է քիմիագիտութեան ամպիոնը համալսարանին մէջ, որ հետագային անոր ղեկավարութեամբ գործած է բժշկական հիմնարկին մէջ մինչեւ 1937։ 1925ին ստացած է փրոֆեսորի, իսկ 1935ին՝ Հայաստանի գիտութեան վաստակաւոր գործիչի կոչում։ 1930-1936ին Երեւանի բժշկական հիմնարկի տնօրէն եղած է, իսկ Սեպտեմբեր 1936ին նշանակուած է Խորհրդային Միութեան Գիտութիւններու Ակադեմիայի հայկական մասնաճիւղի կենդանաբանական հիմնարկի տնօրէն։
Յովհաննիսեանի գիտական աշխատութիւններէն յատկապէս արժէքաւոր են C վիթամինի կառուցուածքին վերաբերեալ ուսումնասիրութիւնները։ Հեղինակած է նաեւ հրապարակախօսական բազմաթիւ յօդուածներ։ Բժշկական հիմնարկի, անոր ամպիոններուն եւ դարմանատուներուն կազմակերպման, ամրապնդման, ինչպէս եւ հիմնարկի ժամանակակից շէնքի կառուցման աշխատանքները սերտօրէն կապուած են Յակոբ Յովհաննիսեանի անուան հետ։ Գործօն մասնակցութիւն ունեցած է Հայաստանի քիմիական ճարտարարուեստի եւ գիտութեան զարգացման խնդիրներու մշակման մէջ։
Յակոբ Յովհաննիսեան ստալինեան բռնարարքներու զոհերէն մէկը եղած է, որուն գիտական եւ հանրային գործունէութիւնը ընդհատուած է 1937ին։ Մահացած է 22 Դեկտեմբեր, 1941ին, աքսորավայրին մէջ։ Յետ մահու արդարացուած է։ Անոր անունով կրթաթոշակ կը տրուի Երեւանի պետական բժշկական համալսարանի յառաջադէմ ուսանողներուն։