Հ. Ստեփանոս Ագոնց՝ Վենետիկի Մխիթարեան միաբանութեան հիմնադիր Մխիթար Սեբաստացիէն ետք երրորդ աբբահայրը, որակաւոր գիտնական մըն էր, որ Նափոլէոն կայսեր ժամանակ բանալի դեր ունեցած է միաբանութեան վերապրումը ապահովելու համար։
Ապագայ աբբահայրը, աւազանի անունով՝ Ամիրա Ագոնց, ծնած է Կէրկէնի (Թրանսիլվանիա, այժմ՝ Ռումանիոյ մէջ), 20 Նոյեմբեր, 1740ին։ 1757ին ղրկուած է Վենետիկի Ս. Ղազար վանքի ժառանգաւորացը։ Վեց տարուան ուսումէ ետք, 1763ին ձեռնադրուած է կուսակրօն քահանայ՝ Ստեփանոս անունով։ Ծանօթ էր քանի մը հին եւ նոր լեզուներու, եւ դասաւանդած է հայերէն, ճարտասանական արուեստ, աշխարհագրութիւն եւ աստուածաբանութիւն ժառանգաւորացին մէջ։ 1770-1780ին աշակերտներու վերակացու եղած է, իսկ 1785ին ընտրուած է աբբահայր Ստեփանոս Մելքոնեանի (1750-1799) աթոռակալ։
1790ին վերադարձած է Թրանսիլվանիա դասաւանդելու եւ քարոզելու տեղւոյն հայկական համայնքներուն մէջ։ Հոն մնացած է մինչեւ աբբրահօր վախճանումը Հոկտեմբեր 1799ին։ Վերադառնալով Ս. Ղազար, միաբանութեան ընդհանուր ժողովը զինք ընտրած է աբբահայր, 9 Նոյեմբեր, 1800ին։ Նորընտիր Պիոս Ժ. Պապը բացառաբար հիւրը եղած է վանքին։ 1804ին, Ագոնց ստացած է «Սիւնեաց նահանգի արքեպիսկոպոս»ի տիտղոսը Հռոմի մէջ։
Հրատարակած է «Աշխարհագրութիւն չորից մասանց աշխարհի» գործը 11 հատորով (1802-1806), համագործակցութեամբ՝ Հ. Ղուկաս Ինճիճեանի (1758-1833), որ գրած է երեք հատոր։ Իր պաշտօնավարութեան շրջանին, Ագոնց բանակցած է Ֆրանսայի կայսեր Նափոլէոն Ա.ի հետ եւ յաջողած է փրկել վանքի կալուածները վերահաս բռնագրաւումէ, որ արդէն Իտալիոյ բոլոր վանքերու ճակատագիրը եղած էր։ 1811ին, Ս. Ղազարու վանքը «Հայկական Ճեմարան»ի տիտղոսը ստացած է Նափոլէոնի կողմէ։
Ստեփանոս արք. Ագոնց նաեւ հրատարակած է ճարտասանութեան ձեռնարկ մը (1775), Մխիթար Սեբաստացիի կենսագրութիւն մը (1810), եւ Աստուածաշունչի պատմութիւններու քառահատոր տեսութիւն մը (1819)։ Անոր անունը հանրածանօթ ըլլալով օտար շրջանակներու մէջ, բազմաթիւ թագաւորներ ու իշխանազուններ Ս. Ղազար այցելած են իր օրերուն։ Վախճանած է 84 տարեկան հասակին, 29 Յունուար, 1824ին։